joi, 22 decembrie 2022

Shasi Pena sindrom

 Instrumentele de cartografiere genetică identifică o boală rară cauzată de mutația genei ASXL2, care are similarități cu alte tulburări genetice rare.

Prin utilizarea unei rețele naționale și a instrumentelor de cartografiere a genelor, cercetătorii au putut identifica o tulburare genetică nouă și fără nume.

Tulburarea a apărut pentru prima dată când un băiețel de 3 ani cu întârzieri ușoare de dezvoltare și caracteristici fizice, inclusiv o circumferință mare a corpului și a capului, a apărut la Duke University School of Medicine.

Vandana Shashi, medicul copilului și profesor de pediatrie la Divizia de Genetică Medicală de la Duke, a făcut o călătorie pentru a rezolva acest caz medical misterios, potrivit unui comunicat de presă. În încercarea de a rezolva cazul, Shashi a folosit instrumentele rețelei de boli nediagnosticate (UDN), care leagă Duke și alte șase site-uri de predare medicală din întreaga țară, care reunesc informații și inovații despre boli rare și inexplicabile.

După ce au efectuat o analiză genetică, cercetătorii au descoperit o mutație a genei ASXL3, care nu a fost niciodată identificată ca fiind cauza unei boli. După conectarea cu alte laboratoare de cercetare UDK și cu o bază de date internațională de gene și caracteristici ale bolii numită GeneMatcher, cercetătorii au reușit să găsească 5 copii suplimentari care aveau aceleași caracteristici fizice și mutația genei ASXL2, în decurs de 6 săptămâni.

Descoperirile au fost publicate în Jurnalul American de Genetică Umană .

„Acum putem spune cu siguranță că aceasta este o boală nou identificată. Cu doar 1 caz, nu am putea spune că mutația genei a fost cauza de bază”, a spus Shashi. „Dar cu 6 cazuri, toate cu aceeași mutație ASXL2, este definitiv.”

Noua boală are asemănări cu alte 2 tulburări genetice rare , numite sindromul Bohring-Opitz și sindromul Bainbridge-Ropers, care ambele apar din gene înrudite. Sindromul Bohring-Opitz se dezvoltă ca urmare a unei mutații a genei ASXL1, în timp ce sindromul Bainbridge-Ropers este cauzat de un defect al genei ASXL3.

Deși rămâne necunoscut cum apare mutația genetică ASXL2, cercetătorii au remarcat că identificarea cauzei principale a stării copiilor este primul pas. În plus, poate ajuta la dezvoltarea de noi abordări și opțiuni de tratament.

Cu toate acestea, există unele beneficii imediate pentru familiile copiilor.

„A fost minunat să fiu conectat cu alte familii care împărtășesc această afecțiune genetică”, a spus Teresa Locklear, mama lui Isaac, care a fost primul pacient care a prezentat mutația la Duke, într-un comunicat de presă. „Când am început, am sperat că vom găsi alte familii cu copii mai mari decât Isaac, pentru a oferi un fel de foaie de parcurs la ce să ne așteptăm. Dar se pare că Isaac este cel mai în vârstă și noi suntem cei care ne împărtășim experiențele cu părinții copiilor mai mici, iar asta a fost atât de plin de satisfacții.”

Cercetătorii au observat că construirea unei comunități de familii cu boli rare și reducerea izolării a avut un impact incredibil.

„Aceste familii se simt cu adevărat singure când copilul lor are în mod clar o tulburare și, totuși, nu există nici un nume pentru aceasta și nicio comunitate de oameni cu care să se poată relaționa cu experiențe comune”, a spus coautorul studiului, Loren del Mar Peña. „Acest lucru îi va ajuta să fie capabili să se conecteze cu alții și să compare notele. Este o afacere uriașă – să știi că nu ești singurul și că mai sunt alți 5 copii acolo.

”https://www.pharmacytimes.com/view/rare-new-genetic-disorder-identified

Mutatie ASXL2

 


O genă este unitatea fizică și funcțională de bază a eredității. Genele sunt formate din ADN. Unele gene acționează ca instrucțiuni pentru a produce molecule numite proteine. Cu toate acestea, multe gene nu codifică proteine . La om, genele variază în mărime de la câteva sute de baze ADN la mai mult de 2 milioane de baze. Un efort internațional de cercetare numit Human Genome Project, care a lucrat pentru a determina secvența genomului uman și a identifica genele pe care le conține, a estimat că oamenii au între 20.000 și 25.000 de gene.

Fiecare persoană are două copii ale fiecărei gene, una moștenită de la fiecare părinte. Majoritatea genelor sunt aceleași la toți oamenii, dar un număr mic de gene (mai puțin de 1% din total) sunt ușor diferite între oameni. Alelele sunt forme ale aceleiași gene cu mici diferențe în secvența lor de baze ADN. Aceste mici diferențe contribuie la caracteristicile fizice unice ale fiecărei persoane.

Genele sunt formate din ADN. Fiecare cromozom conține multe gene.


Rezultatele disponibile numai pentru variantele umane

PolyPhen

PolyPhen-2 prezice efectul unei substituții de aminoacizi asupra structurii și funcției unei proteine ​​folosind omologie de secvență, adnotări Pfam, structuri 3D din PDB acolo unde sunt disponibile și o serie de alte baze de date și instrumente (inclusiv DSSP, ncoils etc.). Ca și în cazul SIFT, pentru fiecare substituție de aminoacizi în care am putut calcula o predicție, oferim atât o predicție calitativă (una dintre „probabil dăunătoare”, „posibil dăunătoare”, „benignă” sau „necunoscută”) și un scor. Scorul PolyPhen reprezintă probabilitatea ca o substituție să fie dăunătoare, astfel încât valorile mai apropiate de unul sunt prezise cu mai multă încredere a fi dăunătoare (rețineți că acesta este opusul SIFT). Predicția calitativă se bazează pe rata fals pozitive a modelului de clasificator utilizat pentru a face predicțiile.

Am rulat PolyPhen-2 versiunea 2.2.2 , ediția 405c (disponibilă aici ) urmând toate instrucțiunile autorilor și utilizând setul de proteine ​​neredundante UniProtKB UniRef100 (lansarea 2013_10) ca bază de date de proteine ​​și DSSP (instantaneu 22-Nov-2013) și PDB (instantaneu 22-Nov-2013) ca baze de date structurale. Când calculăm predicțiile, stocăm rezultatele pentru modelele de clasificare antrenate pe seturile de date HumDiv și HumVar. Ambele seturi de rezultate sunt disponibile prin intermediul API-ului de variație, care este implicit la HumVar dacă nu se face nicio selecție. (Vă rugăm să consultați site- ul web sau publicații PolyPhen pentru mai multe detalii despre sistemul de clasificare).

Valoarea polifenuluiPredicție calitativăExemplu de afișare a site-ului web
mai mare de 0,908„Probabil dăunător”
0,95
mai mare de 0,446 și mai mic sau egal cu 0,908„Posibil dăunător”
0,5
mai mic sau egal cu 0,446"Benign"
0,25
necunoscut"Necunoscut"
necunoscut

Heterozigotul, în legătură cu genetica, se referă la faptul că a moștenit diferite versiuni (alele) ale unui marker genomic de la fiecare părinte biologic. Astfel, un individ care este heterozigot pentru un marker genomic are două versiuni diferite ale acelui marker. În schimb, un individ care este homozigot pentru un marker are versiuni identice ale acelui marker.




VARIANTA DE SEMNIFICAȚIE NECUNOSCUTĂ (VUS)

La ce rezultate ale testelor mă pot aștepta? Și ce fac după ce le am?

POZITIV, NEGATIV SAU O VARIANȚĂ DE SEMNIFICAȚIE NECUNOSCUTĂ (VUS)

Rezultatele testelor dumneavoastră genetice se vor încadra în una dintre cele trei categorii:












Scorul PolyPhen-2

Scorul PolyPhen-2 prezice impactul posibil al unei substituții de aminoacizi asupra structurii și funcției unei proteine ​​umane. Acest scor reprezintă probabilitatea ca o înlocuire să fie dăunătoare. Software-ul Ion Reporter™ raportează scorul pph2-prob PolyPhen-2.

Scorul PolyPhen-2 variază de la 0,0 (tolerat) la 1,0 (dăunător). Variantele cu scoruri de 0,0 sunt prezise a fi benigne. Valorile mai apropiate de 1.0 sunt prezise cu mai multă încredere a fi dăunătoare. Scorul poate fi interpretat astfel:

  • 0,0 până la 0,15 -- Variantele cu scoruri în acest interval sunt estimate a fi benigne.

  • 0,15 până la 1,0 -- Variantele cu scoruri în acest interval sunt posibil dăunătoare.

  • 0,85 până la 1,0 -- Variantele cu scoruri în acest interval sunt prezise cu mai multă încredere a fi dăunătoare.

Scorurile PolyPhen-2 și SIFT folosesc același interval, de la 0,0 la 1,0, dar cu sensuri opuse. O variantă cu un scor PolyPhen-2 de 0,0 este estimată a fi benignă. O variantă cu un scor SIFT de 1,0 este estimată a fi benignă

Despre VUS

„În studiul realizat de Vanninen și colab., colaborarea dintre îngrijirea pacientului, cercetare și laboratorul de diagnostic a permis o analiză aprofundată a istoriei clinice a pacienților și a familiilor acestora care să fie combinată cu rezultatele testelor genetice.”

În concluzie, Schleit a considerat că transparența în raportare este extrem de importantă pentru a permite reclasificarea.

„Laboratoarele trebuie să ofere interpretări detaliate care să sublinieze toate dovezile care au fost utilizate pentru a clasifica orice variantă (variante) raportată sau limitările tehnice care ar putea fi incluse în testare. În acest fel, este mai ușor să fii cu ochii pe noile publicații relevante pentru variantă sau genă sau chiar să contactezi un cercetător care studiază acea genă sau tulburare”, a spus Schleit.

Dacă are noroc, o astfel de colaborare ar putea duce la studii suplimentare, cu impact clinic.

Tabelul codurilor genetice. Darryl Leja, NHGRI

Codul genetic este secvența bazelor nucleotidice din acizii nucleici ( ADN și ARN ) care codifică lanțurile de aminoacizi din proteine . ADN-ul este format din cele patru baze nucleotidice: adenina (A), guanina (G), citozina (C) și timina (T). ARN conține nucleotidele adenină, guanină, citozină și uracil (U). Atunci când trei baze nucleotidice continue codifică un aminoacid sau semnalează începutul sau sfârșitul sintezei proteinelor , setul este cunoscut ca un codon. Aceste seturi triplete furnizează instrucțiunile pentru producerea aminoacizilor. Aminoacizii sunt legați împreună pentru a forma proteine.


 Tabelul codurilor genetice. Darryl Leja, NHGRI

Codul genetic este secvența bazelor nucleotidice din acizii nucleici ( ADN și ARN ) care codifică lanțurile de aminoacizi din proteine . ADN-ul este format din cele patru baze nucleotidice: adenina (A), guanina (G), citozina (C) și timina (T). ARN conține nucleotidele adenină, guanină, citozină și uracil (U). Atunci când trei baze nucleotidice continue codifică un aminoacid sau semnalează începutul sau sfârșitul sintezei proteinelor , setul este cunoscut ca un codon. Aceste seturi triplete furnizează instrucțiunile pentru producerea aminoacizilor. Aminoacizii sunt legați împreună pentru a forma proteine.

ASXL2 codifică o proteină care servește ca un regulator epigenetic și este asociat cu diferite tipuri de cancer. Un număr tot mai mare de studii au sugerat că ASXL2 este o genă care conduce la invazie și supraexprimarea ASXL2 este corelată cu prognosticul în cancerul colorectal ( 6 , 7 ). În cancerul de sân, s-a demonstrat că ASXL2 promovează proliferarea tumorii prin legarea ERalpha de metilarea histonelor ( 8 ). În timp ce ASXL2 este identificat a fi esențial pentru hematopoieză, iar pierderea Asxl2 la șoareci poate duce la afecțiuni maligne mieloide ( 9 , 10 ).). În mod colectiv, aceste studii evidențiază faptul că ASXL2 poate juca un rol dublu în tumorigeneză și dezvoltare. Deși cancerul pancreatic este una dintre afecțiunile maligne comune, rolul ASXL2 în cancerul pancreatic rămâne nedefinit.

Orphanet

  • Synonym(s) : ASXH2, FLJ10898, KIAA1685
  • Previous symbols and names : additional sex combs like 2 (Drosophila), additional sex combs like 2, transcriptional regulator
  • Type : gene with protein product
  • Chromosomal location : 2p23.3
  • OMIM: 612991
  • HGNC: 23805
  • UniProtKB: Q76L83
  • Genatlas: ASXL2
  • GenCC: ASXL2
  • Ensembl: ENSG00000143970
  • IUPHAR-DB: -
  • Reactome: Q76L83
  • LOVD: ASXL2

vineri, 16 decembrie 2022

Reparare ADN

 Pe scurt, vitaminele joacă un rol important în menținerea integrității și stabilității ADN-ului. Vitaminele cheie de consumat includ beta-caroten, vitamina B12, acid folic (B9), vitamina D și vitamina E.

ASLX2-METALE GRELE?

 Magneziul scapă de metalele grele?

Magneziul poate elimina o varietate de toxine și metale grele din organism, inclusiv aluminiu, mercur și plumb . Deși este probabil ca aceste substanțe chimice să fie prezente în corpul tău doar în urme minuscule, chiar și cele mai mici cantități dintre acestea pot fi dăunătoare. Ca atare, eliminarea lor din celulele tale este importantă

Acest capitol se concentrează în primul rând pe două aspecte cheie legate de neurotoxicitatea aluminiului și mecanismul acestuia în boala Alzheimer (AD), care sunt susceptibilitatea genetică și modificarea epigenetică. Toxicitatea aluminiului a fost confirmată din experimente cu plante, experimente pe animale, experimente in vitro și studii epidemiologice. Cu toate acestea, mecanismele care stau la baza acestui fenomen au rămas în mare măsură evazive. În plus, există din ce în ce mai mulți factori genetici care s-au dovedit a fi puternic implicați în cauzarea sau creșterea riscului de dezvoltare a AD și s-a dovedit a fi asociați cu neurotoxicitatea Al și joacă un rol semnificativ în inițierea și progresia AD. . Epigenetica oferă o punte între gene și mediu pentru a îmbunătăți înțelegerea noastră asupra etiologiei AD. Al poate modifica starea epigenetică prin metilarea ADN-ului, modificări ale histonelor și ARN-uri necodificante și, prin urmare, ar putea contribui la patofiziologia AD. Cu toate acestea, se cunosc foarte puține despre modelele epigenetice exacte în AD.

Cuvinte cheie: Aluminiu; Alzheimer; Modificare epigenetică; Susceptibilitate genetică 

Rozmarin sălbatic (Ledum groenlandicum)* + ulei de flori de helichrysum (Helichrysum italicum)* + ulei de semințe de țelină (Apium graveolens)* este foarte bun pentru scoaterea metalelor grele din organism care au ajuns acolo prin vaccinare: arsenic, mercur, nichel, aluminiu, plumb. 



ASLX2-partea a doua

O modificare a genei ASXL2 a fost identificată la un bărbat, în vârstă de 8 ani, care este mai mare decât media (macrosomie), are un semn de naștere mare pe frunte (hemangiom glabelar), o scădere a substanței albe din creier (atrofie). a substanței albe cerebrale) și învățare. dificultăți (sindromul Shashi-Pena) ( citește descrierea completă ).

Abstract

Mecanismele prin care expresia genelor este reglată de zinc sunt centrale pentru homeostazia zincului celular. În acest context, dovezile pentru implicarea dishomoeostasis zincului în etiologia bolilor, inclusiv diabetul de tip 2, boala Alzheimer și cancerul, evidențiază importanța exprimării genelor reglate de zinc. Mecanismele elucidate în bacterii și drojdii oferă exemple de diferite moduri posibile de reglare a genelor sensibile la zinc, care implică legarea reglată de zinc a activatorilor și represorilor transcripționali la regiunile promotoare ale genei. Un mecanism de reglare transcripțională la mamifer care mediază reglarea în sus a transcripției indusă de zinc, implicând factorul de transcripție MTF1 (factor de transcripție 1 de legare a elementelor de răspuns la metal), a fost studiat pe larg. Răspunsurile genelor în direcția opusă (niveluri reduse de ARNm ca răspuns la disponibilitatea crescută a zincului) au fost observate în celulele de mamifere, dar un proces specific de reglare transcripțională responsabil pentru un astfel de răspuns încă nu a fost identificat. Apar exemple de factori de transcripție unici sensibili la zinc care reglează expresia genelor în direcții opuse. Deși reprimarea transcripțională indusă de zinc de către MTF1 este o posibilă explicație în unele cazuri specifice, un astfel de mecanism nu poate explica reprimarea de către zinc a tuturor genelor de mamifere care arată acest mod de reglare, indicând existența unor mecanisme încă necaracterizate de transcripție reglată de zinc. în celulele de mamifere. În plus, descoperirile recente dezvăluie un rol pentru efectele zincului asupra stabilității ARNm în reglarea transportatorilor specifici de zinc.

ASXL2

 În timp ce rolul ASLX1 în hematopoieză și leucemie a fost intens studiat, rolul ASLX2 este neclar. Aici, autorii arată că ASLX2 este necesar pentru auto-reînnoirea normală a celulelor stem hematopoietice, în timp ce pierderea Asxl2 promovează leucemogeneza, explicând astfel mutațiile observate frecvent la pacienții cu LMA

  • Această genă codifică un membru al unei familii de regulatori epigenetici care leagă diferite enzime modificatoare de histonă și sunt implicate în asamblarea factorilor de transcripție la loci genomici specifici. Mutațiile care apar în mod natural ale acestei gene sunt asociate cu cancerul în mai multe tipuri de țesuturi (sân, vezică urinară, pancreas, ovar, prostată și sânge). Această genă joacă un rol important în neurodezvoltarea, funcția cardiacă, adipogeneză și osteoclastogeneză. [furnizat de RefSeq, februarie 2017]

  • Rezumatul GeneCards pentru gena ASXL2

    ASXL2 (ASXL Transcriptional Regulator 2) este o genă care codifică proteine. Bolile asociate cu ASXL2 includ sindromul Shashi-Pena și sindromul Bainbridge-Ropers . Printre căile sale asociate se numără Metabolismul proteinelor și Deubiquitinarea . Adnotările Ontologiei genelor (GO) legate de această genă includ legarea receptorului activat de proliferatorul peroxizomal . Un paralog important al acestei gene este ASXL3 .

    • Sindromul Shashi-Pena (SHAPNS) [MIM: 617190 ]: un sindrom autosomal dominant caracterizat prin întârzierea dezvoltării psihomotorii, dizabilitate intelectuală de severitate variabilă, macrocefalie, ochi proeminenți, sprâncene arcuite, hipertelorism, un nev glabelar flammeus, dificultăți de hrăn
    • ire neonatală și hipotonie. . Unii pacienți pot avea, de asemenea, defect septal atrial, hipoglicemie episodică, modificări ale densității minerale osoase și/sau convulsii. { ECO:0000269 PubMed:27693232}. Notă=Boala este cauzată de variante care afectează gena reprezentată în această intrare.
    • Notă=O aberație cromozomială care implică ASXL2 este o cauză a sindromului mielodisplazic legat de terapie. Translocarea t(2;8)(p23;p11.2) cu KAT6A generează o proteină de fuziune KAT6A-ASXL2
    • ASXH2
      FLJ10898
      KIAA1685
      Chromosomal location 
      2p23.3
      (la unii pacienți)
      întârzierea dezvoltării psihomotorii
      pierderea volumului substanței albe mai mult

      Ochi cap și gât:
      hipertelorism
      proptoză
      ochi proeminenți
      sprâncene arcuite

      Fața capului și gâtului: față lungă
      retrognathia


      Inimă cardiovasculară:
      defect septal atrial

      Țesut moale muscular:
      hipotonie

      Mâinile scheletice:
      cute palmare adânci
      Scheletice:
      osteoporoză (la unii pacienți)
      vârsta osoasă avansată (la unii pacienți)
      fracturi (la unii pacienți)ventriculomegalie
      (la unii pacienți)
      întârzierea dezvoltării psihomotorii
      pierderea volumului substanței albe mai mult

      Ochi cap și gât:
      ptoză
      hipertelorism
      proptoză
      ochi proeminenți
      sprâncene arcuite

      Fața capului și gâtului: față lungă
      retrognathia


      Inimă cardiovasculară:
      defect septal atrial

      Țesut moale muscular:
      hipotonie

      Mâinile scheletice:
      cute palmare adânci

      Scheletice:
      osteoporoză (la unii pacienți)
      vârsta osoasă avansată (la unii pacienți)
      fracturi (la unii pacienți)