Mutatie ASXL2
joi, decembrie 22, 2022
O genă este unitatea fizică și funcțională de bază a eredității. Genele sunt formate din ADN. Unele gene acționează ca instrucțiuni pentru a produce molecule numite proteine. Cu toate acestea, multe gene nu codifică proteine . La om, genele variază în mărime de la câteva sute de baze ADN la mai mult de 2 milioane de baze. Un efort internațional de cercetare numit Human Genome Project, care a lucrat pentru a determina secvența genomului uman și a identifica genele pe care le conține, a estimat că oamenii au între 20.000 și 25.000 de gene.
Fiecare persoană are două copii ale fiecărei gene, una moștenită de la fiecare părinte. Majoritatea genelor sunt aceleași la toți oamenii, dar un număr mic de gene (mai puțin de 1% din total) sunt ușor diferite între oameni. Alelele sunt forme ale aceleiași gene cu mici diferențe în secvența lor de baze ADN. Aceste mici diferențe contribuie la caracteristicile fizice unice ale fiecărei persoane.
Genele sunt formate din ADN. Fiecare cromozom conține multe gene.
Rezultatele disponibile numai pentru variantele umane
PolyPhen
PolyPhen-2 prezice efectul unei substituții de aminoacizi asupra structurii și funcției unei proteine folosind omologie de secvență, adnotări Pfam, structuri 3D din PDB acolo unde sunt disponibile și o serie de alte baze de date și instrumente (inclusiv DSSP, ncoils etc.). Ca și în cazul SIFT, pentru fiecare substituție de aminoacizi în care am putut calcula o predicție, oferim atât o predicție calitativă (una dintre „probabil dăunătoare”, „posibil dăunătoare”, „benignă” sau „necunoscută”) și un scor. Scorul PolyPhen reprezintă probabilitatea ca o substituție să fie dăunătoare, astfel încât valorile mai apropiate de unul sunt prezise cu mai multă încredere a fi dăunătoare (rețineți că acesta este opusul SIFT). Predicția calitativă se bazează pe rata fals pozitive a modelului de clasificator utilizat pentru a face predicțiile.
Am rulat PolyPhen-2 versiunea 2.2.2 , ediția 405c (disponibilă aici ) urmând toate instrucțiunile autorilor și utilizând setul de proteine neredundante UniProtKB UniRef100 (lansarea 2013_10) ca bază de date de proteine și DSSP (instantaneu 22-Nov-2013) și PDB (instantaneu 22-Nov-2013) ca baze de date structurale. Când calculăm predicțiile, stocăm rezultatele pentru modelele de clasificare antrenate pe seturile de date HumDiv și HumVar. Ambele seturi de rezultate sunt disponibile prin intermediul API-ului de variație, care este implicit la HumVar dacă nu se face nicio selecție. (Vă rugăm să consultați site- ul web sau publicații PolyPhen pentru mai multe detalii despre sistemul de clasificare).
| Valoarea polifenului | Predicție calitativă | Exemplu de afișare a site-ului web |
|---|---|---|
| mai mare de 0,908 | „Probabil dăunător” | 0,95 |
| mai mare de 0,446 și mai mic sau egal cu 0,908 | „Posibil dăunător” | 0,5 |
| mai mic sau egal cu 0,446 | "Benign" | 0,25 |
| necunoscut | "Necunoscut" | necunoscut |
Heterozigotul, în legătură cu genetica, se referă la faptul că a moștenit diferite versiuni (alele) ale unui marker genomic de la fiecare părinte biologic. Astfel, un individ care este heterozigot pentru un marker genomic are două versiuni diferite ale acelui marker. În schimb, un individ care este homozigot pentru un marker are versiuni identice ale acelui marker.
VARIANTA DE SEMNIFICAȚIE NECUNOSCUTĂ (VUS)
La ce rezultate ale testelor mă pot aștepta? Și ce fac după ce le am?
POZITIV, NEGATIV SAU O VARIANȚĂ DE SEMNIFICAȚIE NECUNOSCUTĂ (VUS)
Rezultatele testelor dumneavoastră genetice se vor încadra în una dintre cele trei categorii:
Scorul PolyPhen-2
Scorul PolyPhen-2 prezice impactul posibil al unei substituții de aminoacizi asupra structurii și funcției unei proteine umane. Acest scor reprezintă probabilitatea ca o înlocuire să fie dăunătoare. Software-ul Ion Reporter™ raportează scorul pph2-prob PolyPhen-2.
Scorul PolyPhen-2 variază de la 0,0 (tolerat) la 1,0 (dăunător). Variantele cu scoruri de 0,0 sunt prezise a fi benigne. Valorile mai apropiate de 1.0 sunt prezise cu mai multă încredere a fi dăunătoare. Scorul poate fi interpretat astfel:
0,0 până la 0,15 -- Variantele cu scoruri în acest interval sunt estimate a fi benigne.
0,15 până la 1,0 -- Variantele cu scoruri în acest interval sunt posibil dăunătoare.
0,85 până la 1,0 -- Variantele cu scoruri în acest interval sunt prezise cu mai multă încredere a fi dăunătoare.
Scorurile PolyPhen-2 și SIFT folosesc același interval, de la 0,0 la 1,0, dar cu sensuri opuse. O variantă cu un scor PolyPhen-2 de 0,0 este estimată a fi benignă. O variantă cu un scor SIFT de 1,0 este estimată a fi benignă
Despre VUS
„În studiul realizat de Vanninen și colab., colaborarea dintre îngrijirea pacientului, cercetare și laboratorul de diagnostic a permis o analiză aprofundată a istoriei clinice a pacienților și a familiilor acestora care să fie combinată cu rezultatele testelor genetice.”
În concluzie, Schleit a considerat că transparența în raportare este extrem de importantă pentru a permite reclasificarea.
„Laboratoarele trebuie să ofere interpretări detaliate care să sublinieze toate dovezile care au fost utilizate pentru a clasifica orice variantă (variante) raportată sau limitările tehnice care ar putea fi incluse în testare. În acest fel, este mai ușor să fii cu ochii pe noile publicații relevante pentru variantă sau genă sau chiar să contactezi un cercetător care studiază acea genă sau tulburare”, a spus Schleit.
Dacă are noroc, o astfel de colaborare ar putea duce la studii suplimentare, cu impact clinic.
Codul genetic este secvența bazelor nucleotidice din acizii nucleici ( ADN și ARN ) care codifică lanțurile de aminoacizi din proteine . ADN-ul este format din cele patru baze nucleotidice: adenina (A), guanina (G), citozina (C) și timina (T). ARN conține nucleotidele adenină, guanină, citozină și uracil (U). Atunci când trei baze nucleotidice continue codifică un aminoacid sau semnalează începutul sau sfârșitul sintezei proteinelor , setul este cunoscut ca un codon. Aceste seturi triplete furnizează instrucțiunile pentru producerea aminoacizilor. Aminoacizii sunt legați împreună pentru a forma proteine.
Tabelul codurilor genetice. Darryl Leja, NHGRI
Codul genetic este secvența bazelor nucleotidice din acizii nucleici ( ADN și ARN ) care codifică lanțurile de aminoacizi din proteine . ADN-ul este format din cele patru baze nucleotidice: adenina (A), guanina (G), citozina (C) și timina (T). ARN conține nucleotidele adenină, guanină, citozină și uracil (U). Atunci când trei baze nucleotidice continue codifică un aminoacid sau semnalează începutul sau sfârșitul sintezei proteinelor , setul este cunoscut ca un codon. Aceste seturi triplete furnizează instrucțiunile pentru producerea aminoacizilor. Aminoacizii sunt legați împreună pentru a forma proteine.
ASXL2 codifică o proteină care servește ca un regulator epigenetic și este asociat cu diferite tipuri de cancer. Un număr tot mai mare de studii au sugerat că ASXL2 este o genă care conduce la invazie și supraexprimarea ASXL2 este corelată cu prognosticul în cancerul colorectal ( 6 , 7 ). În cancerul de sân, s-a demonstrat că ASXL2 promovează proliferarea tumorii prin legarea ERalpha de metilarea histonelor ( 8 ). În timp ce ASXL2 este identificat a fi esențial pentru hematopoieză, iar pierderea Asxl2 la șoareci poate duce la afecțiuni maligne mieloide ( 9 , 10 ).). În mod colectiv, aceste studii evidențiază faptul că ASXL2 poate juca un rol dublu în tumorigeneză și dezvoltare. Deși cancerul pancreatic este una dintre afecțiunile maligne comune, rolul ASXL2 în cancerul pancreatic rămâne nedefinit.
Orphanet
- Synonym(s) : ASXH2, FLJ10898, KIAA1685
- Previous symbols and names : additional sex combs like 2 (Drosophila), additional sex combs like 2, transcriptional regulator
- Type : gene with protein product
- Chromosomal location : 2p23.3
- OMIM: 612991
- HGNC: 23805
- UniProtKB: Q76L83
- Genatlas: ASXL2
- GenCC: ASXL2
- Ensembl: ENSG00000143970
- IUPHAR-DB: -
- Reactome: Q76L83
- LOVD: ASXL2
0 comentarii
Comentati va rog!